A Duna Charta életre hívását az akkori kormányzat Duna politikája tette szükségessé. Titkos tárgyalásokon készítettek elő egy, a hágai per ítéletével ellentétes, Magyarországra hátrányos, a nemzetgazdaságot jelentősen megterhelő, és hatalmas környezeti kárral járó megállapodást Szlovákiával, hogy megépítik a bős-nagymarosi vízlépcsőrendszer alsó duzzasztóját a Duna-kanyarban.
Ez ellen lépett fel a Duna Charta, összefogva a tiltakozókat, nyílt levéllel fordulva a magyar kormányhoz, amelyhez a művészeti, tudományos és társadalmi élet 134 ismert képviselője csatlakozott pártállástól függetlenül. 1998. február 28-án a Duna Charta és a Duna Kör közösen szervezett tüntetése a rendszerváltás utáni legnagyobb tömeget mozgósította. A demonstráció nemcsak azt bizonyította meggyőzően, hogy az emberek többsége az élő Dunát választja, és elutasítja a gátépítők tervét, de a küszöbön álló országgyűlési választás kimenetelét is eldöntötte, ami után háttérbe szorultak a gátépítést nyíltan támogató politikai erők.