A Duna Charta 1997 őszén alakult meg, részben a Duna Kör addigi tagjaiból, részben a Duna mozgalomhoz más szálakon kötődő környezetvédőkből és rokonszenvezőkből. Az első néhány évben alapszabály és hivatalos bejegyzés nélküli spontán mozgalomként működött.
Életre hívását az akkori kormányzat Duna politikája tette szükségessé. Titkos tárgyalásokon készítettek elő egy, a hágai per ítéletével ellentétes, Magyarországra hátrányos, a nemzetgazdaságot jelentősen megterhelő, és hatalmas környezeti kárral járó megállapodást Szlovákiával, hogy megépítik a bős-nagymarosi vízlépcsőrendszer alsó duzzasztóját a Duna-kanyarban.
Ez ellen lépett fel a Duna Charta, összefogva a tiltakozókat, nyílt levéllel fordulva a magyar kormányhoz, amelyhez a művészeti, tudományos és társadalmi élet 134 ismert képviselője csatlakozott pártállástól függetlenül. 1998. február 28-án a Duna Charta és a Duna Kör közösen szervezett tüntetése a rendszerváltás utáni legnagyobb tömeget mozgósította. A demonstráció nemcsak azt bizonyította meggyőzően, hogy az emberek többsége az élő Dunát választja, és elutasítja a gátépítők tervét, de a küszöbön álló országgyűlési választás kimenetelét is eldöntötte, ami után háttérbe szorultak a gátépítést nyíltan támogató politikai erők.
Az elkövetkező években a Duna Charta határozott és nyilvános fellépése háttérbe szorította a valójában Szigetköz totális vízügyi szabályzását szorgalmazó rehabilitációs terveket, amely a Duna Körrel való, kezdetektől feszült viszony teljes megromlásához és a Duna Kör tevékenységétől való teljes elhatárolódáshoz vezetett.
2002. májusától a Duna Charta hivatalosan bejegyzett egyesületként tevékenykedik. Mint az egyik legrégebben működő, a Dunával foglalkozó szervezet, az egyes helyi problémák felkarolása mellett a hazai Duna-szakasz egészének egységes védelmének kidolgozását tarjuk legfontosabb célkitűzésünknek. Ennek szellemében szorgalmazzuk a Duna-törvény megalkotását, amely a Duna vízkészletének hosszú távú megőrzésével biztosítaná a jövő nemzedékének az egészséges környezethez, különösen a tiszta ivóvízhez való jogát, valamint keretet adna a dunai víz- és környezetgazdálkodás átalakításának, annak új, fenntartható alapokra való helyezésének.