A Szlovákia 2001 júniusában egyezett bele, hogy két szakértői munkacsoportot állítsanak fel: vízgazdálkodási munkacsoportot a két fél által kölcsönösen átadott komplex rendezési javaslatok tanulmányozására, a jogi munkacsoportot pedig az ítéletből fakadó jogi következtetések levonására. Világosan látszott az a szlovák reménykedés, hogy ha sikerül "politikát" háttérbe szorítva a tárgyalások folytatását minél alacsonyabb szintre szorítani, akkor majd a lét ország műszaki (vízügyi) szakértői megegyeznek egymás közt - reményeik szerint a szlovák fél álláspontjához közeli végeredménnyel.
2002-ben a Medgyesy kormány hosszú időn keresztül elmulasztott felelős politikai vezetőt kinevezni a Duna-ügy képviseletére, ezért a tárgyalások értelmetlenül, Magyarországnak felróható módon két esztendőre megszakadtak, és csak 2004 tavaszán folytatódtak újra, mikor is a szlovák fél az általa átadott állásfoglalásban a visegrád-nagymarosi létesítmény felépítését követelte és egyetlen nyitott kérdésként a csúcsrajáratás mértékének a meghatározását jelölte meg. Az átadott anyagot a magyar delegációnak a leghatározottabban vissza kellett volna utasítani, de a magyar illetékeseknek két év időhúzás után erre nem volt bátorsága. A magyar fél a válaszul adott szakmai anyagban ugyan cáfolja a szlovák jogi érveket, de meg sem kísérelte Szlovákiát szembesíteni a Nemzetközi Bíróságon és az ítéletről szóló tárgyalások korábbi szakaszaiban kifejtett nyilatkozataival, amellyel pedig a szlovák delegáció rosszhiszeműsége könnyedén bizonyítható lett volna.
A szlovák és a magyar fél ezt követően további egy esztendőt töltött azzal, hogy megállapodjon arról, hogy a jogi és a vízgazdálkodási munkacsoportoknak milyen kérdéseket kell megvizsgálnia, és 2005. márciusában megállapodtak a munkacsoportok mandátumáról. A munkacsoportoknak alig egy esztendő alatt sikerült elvégezniük a "feladatukat": tisztázták, hogy lényegében egyetlen közösen feltett kérdésre sem tudnak kölcsönösen elfogadható választ adni, és 2006 márciusában befejezték eredménytelen tárgyalássorozatukat. Ezt követően a kormányküldöttségek októberben megállapították, hogy a tárgyalásokat ezen a szinten kell folytatni, mert a szakértői munkacsoportok "kimerítették a lehetőségeiket". Két hónappal később Szlovákia saját szerződéstervezettel állt elő, amelyben ideiglenesen lemondott volna az alsó erőmű felépítéséről, a bősnél termelt energia kizárólagos szlovák hasznosítása és a vízmegosztási status quo fenntartása mellett. A magyar delegáció 2007 márciusában válaszolt egy újabb megállapodás-tervezettel, azonban a felek nézeteinek szakadékszerű távolsága miatt a további egyeztetések az ítélet végrehajtásáról szóló egyezmény kidolgozásáról elakadtak.
Mindkét fél számára egyértelművé válhatott 2007 derekára, hogy a további kétoldalú tárgyalásoktól semmiféle eredmény nem várható. 2007 novemberében a tárgyalódelegációk mégis megegyeztek, hogy nemzetközi részvétellel közös környezetvédelmi hatásvizsgálatot folytatnak le valamennyi, az ítélet végrehajtása céljából a felek által előterjesztett megoldási javaslatról. A közös megállapodás szerint a hatásvizsgálatot lezáró jelentést csak konszenzussal lehet elfogadni, ennek hiányában az eljárást 2009. december 22-én befejezettnek kell tekinteni.
A hágai nemzetközi bíróság is próbált nyomást gyakorolni a tárgyaló felekre: 2009 januárjában felszólította a két felet: szülessen végre már valamilyen megállapodás az 1997-es bírósági ítélet végrehajtásával kapcsolatban, hisz a bős-nagymarosi vízlépcsőrendszerrel kapcsolatos per jelenleg a legrégibb aktív per Hágában. Ennek ellenére a szlovák tárgyaló fél már 2009 őszén egyértelművé tette, hogy támogatás hiányában nem dolgoznak a saját anyagaikon. A 2009. december 15-i kétoldalú tárgyalás után a magyar szaktárca képviselője szerint a tárgyalások kudarcba fulladtak. 2009. december 22-ig sem a magyar, sem a szlovák fél nem terjesztette be a környezeti stratégiai vizsgálati anyagaikat, a hatásvizsgálat eredmény nélkül zárult, azaz az eredeti megállapodás szerint a közös stratégiai környezeti vizsgálati eljárás megszűnt. Ennek ellenére a két ország képviselői 2010. január 28-án Pozsonyban aláírtak egy közös nyilatkozatot, miszerint Magyarország és Szlovákia jelenleg idő előttinek tartja, hogy a bős-nagymarosi vízlépcsőrendszer ügyében bármilyen lépést tegyen a hágai Nemzetközi Bíróságon.
Újabb váratlan fordulatot jelentett, hogy 2010. március 5-én egy országos napilap szerint a szakminisztérium a szükséges társadalmi egyeztetés és a magyar közvélemény előzetes tájékoztatása nélkül olyan vízpótlási javaslattal fordult Szlovákiához, amely a Szigetköz problémáját nem a Dunába juttatott vízmennyiség növelésével, hanem "mobil"-nak nevezett fenékgátakkal oldaná meg. Azt a szakminisztérium utólagos közleményéből lehetett megtudni, hogy a napilap által említett 8 gátas megoldás mellett öt másikat is átadtak a szlovák félnek, valamint, hogy a már lejárt határidőt közös megegyezéssel meghosszabbították, és a magyar fél 2010. április 30-ig várja, hogy a vízpótlásról és környezet-rehabilitációról benyújtott hatpontos javaslatához Szlovákia elkészítse a saját javaslatait. A tények ismeretében ez a határidő meghosszabbítás Magyarország külpolitikai presztizsét csökkentő újabb elvtelen kompromisszumként értékelhető, hisz a vízerőmű szlovák kormánybiztosa válaszként bejelentette, hogy csak 2010 végére várható a szlovák fél dokumentumának kidolgozása.

Amellett, hogy kiderült, a magyar szaktárca döbbenetes módon az ország legnagyobb ivóvízbázisára tervezett 8 gát építését elfogadhatónak tartja, további aggodalomra ad okot az eset után megjelent, szakmai szempontból érthetetlen és egyértelműen megtévesztő nyilatkozatai. Bár közleményükben hangsúlyozták, hogy a minisztérium célja az, hogy a Duna vízének a fele hozzánk kerüljön, ugyanakkor a szakállamtitkár szerint Magyarországnak a hat javaslat bármelyike elfogadható, mivel állítása szerint mind alkalmas arra, hogy rendezzék a vízpótlást. A tények ismeretében viszont, a botrányt kiváltó, a szigetközi Duna-szakasz 40 km-es hosszának 8 gáttal megduzzasztó terve egyértelműen nem igényli a fele vizet, és teljesen a szlovák fél igényeinek megfelelő műszaki változat, hisz a szlovák fél több alkalommal egyértelművé tette: a környezeti feltételek javulását nem a vízmennyiség növelésében, hanem a Duna-meder vízszintjének fenékküszöbös felduzzasztásában látja! Nem tekinthető véletlennek, hogy korábban a volt szlovák környezetvédelmi miniszter is támogatólag aláírta a Duna duzzasztásos tervét beterjesztő érdekcsoport követelését.
Aggasztó, hogy a szakminisztérium közleménye egyértelművé teszi, hogy a minisztérium célja a ködösítés volt, hisz a közleményében értelmezhetetlen és valótlan dolgokat ír a vitatott terv rövid ismertetésében: "A munkaanyag egy harmadik változata szerint - amelyet a Szigetközi Természetvédelmi Egyesület javasol - a főmeder vízszintjének megemelésére átmenetileg mobil fenékgátakat helyeznének el, így a vízszintek kiegyenlítődése után elbonthatóak lennének a Dunát elterelő műtárgyak, és a felduzzasztott Duna így magától folyna át a Szigetköz azon részeibe, ahol korábban természetes úton folyt." A közleményben a lobbiérdekek nyílt és kendőzetlen érvényesülése látszik, hogy úgymond jó kommunikálással próbálják meg a közvélemény felé eladni ezt a Magyarország számára elfogadhatatlan tervet, hisz a az idézett javaslat masszív fenékgátakat és betontalapzatos fix árvízlevezető kapukat, hajózsilipet tartalmaz, azaz mobilnak nem mobil, a gátakat nem átmenetileg helyeznék el, és a Dunát elterelő dunacsúnyi műtárgyak természetesen nem lennének elbonthatók a vízszintek állítólagos kiegyenlítődése után! Ugyancsak több mint vitatható az az állítás is, hogy a szlovák félnek "független szakértők által készített tanulmány"-t adtak át, hisz a számos vízügyes szakértő közt ott található az Eduvizig igazgatója is, akinek szakmai vezetésével korábban beépítették a fenti a tervet a Szigetközi Vízgazdálkodási Tervezetbe mint egyedüli elfogadható megoldást.